Добрый день.
Это две разные настройки.
Если хотите видеть в своде универсальном, расчлистке как надбавки, то устанавливаете Относить на начисления.
Если не хотите видеть как отдельные, только в отчетах по НДФЛ - то можно не устанавливать, оставить по умолчанию.
www.kaminsoft.ru/forum/zarplata5-0/17386...noe-nachislenie.html