Надо ли выставлять галочку относить РК на отдельное начисление в параметрах учета? и к чему приведет ее поставновка, вроде и так при создании выплаты делит на 2000 и 2006

Добрый день.
Это две разные настройки.
Если хотите видеть в своду универсальном, расчлистке как надбавки, то устанавливаете Относить на начисления.
Если не хотите видеть как отдельные, только в отчетах по НДФЛ - то можно не устанавливать
 

так и без установки галочки в своде выделяется сумма, рк и итого. Странно

Добрый день.
Сумма РК и СЕВ всегда выделялась в своде универсальном, при настройке. Можно было увидеть в т.ч. и для каждого начисления. Сейчас ничего не меняется. Изменения касаются вида дохода для расчета НДФЛ по отдельной шкале.
У РК и СЕВ всегда был вид дохода такой же как у начисления 2000, 2002, 4800 и т.д.