Неправильно считает НДФЛ в межрасчетной выплате
один и тот же человек с разными настройками НДФЛ 
и не одной правильной суммы НДФЛ

Добрый день.
А какая сумма правильная? НДФЛ рассчитывается нарастающим итогом с учетом ранее рассчитанных сумм.
Покажите скриншот регистра по НДФЛ на сотрудника, где видны итоговые суммы и Отчет вычеты сотрудников, где видны положенные вычеты и предоставленные.

сделал 

В августе вычеты применились ошибочно. У сотрудника уже превышение было в июне, значит вычеты стандартные за август не положены.

но он их считает неправильно в документе выплата считается одна сумм в НДФЛ он считает другие суммы в межрасчетной выплате третья и все отличные от нужной или хотябы близкой к правде суммы.
на релизе 5.5.89.2 еще как то более менее можно было посчитать НДФЛ сейчас вообще каждый документ считает свои суммы непонятно по какому принципу ладно если бы все считали одну сумму

Документы за август скорее всего переформировывать выплаты.
Сделайте корректировку фактических вычетов за август. Корректировка дата 31,08, добавляете ФИО и вид вычета, автоматически заполнятся суммы. В колонке Корректировка измените знак у сумм (+ на -) .
Когда все вычеты будут сторнированы, сформируйте выплату. Лучше Выплату заработной платы.
Проверьте расчет.
Если не поможет, присылайте копию базы на эл почту hotline@kaminsoft.ru, с указанием ФИО сотрудника.