Добрый день.

В учреждение принимается на работу сотрудник, начавший свою трудовую деятельность после 01.01.2020 года у другого работодателя.

Как правильно заполнить документ Прием по такому сотруднику: в текущей организации прием для сотрудника уже не первый и заявление о ведении электронной книжки на него не подавали, так как трудовую деятельность начал после 01.01.2020?

Добрый день.
Прием оформляем в обычном порядке. Записи о трудовой деятельности формируем по своей организации.

Как указать для отчета "Заявления о ведении трудовой книжки", что сотрудник предоставляет сведения о трудовой деятельности?

Флажок "Начало трудовой деятельности" поставить не можем, так как сотрудник начал трудовую деятельность у другого работодателя.

Флажок "Подано заявление о способе ведения трудовой книжки" тоже поставить не можем, так как сотрудник начал трудовую деятельность после 01.01.2020 г. и заявление по нему не подавалось.

Добрый день.
Флажок "Начало трудовой деятельности"  - нужен для того, чтобы была запись у сотрудника, при этом неважно, что начал работу у другого работодателя.
Вам только нужна запись в отчете.

Смущает, что в качестве даты записи встанет дата приема у текущего работодателя, а не реальная дата начала трудовой деятельности.

Добрый день.
Установите в Сведения с предыдущего места работы - подано заявление и дату начала работу у прежнего работодателя.
Дополнительных настроек добавлять не планируется.