Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста, изменять постоянную надбавку сотруднику  в док "Изменение" или в документе "Изменение постоянных надбавок одного сотрудника"- есть какая то принципиальная разница? 

Добрый день.
Использовать можно эти документы. Но в связи с тем, что в бюджете может быть много надбавок, для которых периодически изменяются ( % и дата окончания), все же лучше отдельным документом. А Изменением менять кадровые сведения.
Если у вас нет много надбавок и частых изменений в расчетах-используйте документ Изменение.