В марте месяце была обнаружена ошибка - у сотрудника был предоставлен вычет на ребенка 127 не полностью (1373,57 вместо 2800). 
Был внесен документ корректировка предоставленного вычета.

 

Затем в документе Выплаты от 21.03.2025 года на вкладке НДФЛ пересчитали налог.

Было: 

 

Стало: 

 

Доход увеличился и НДФЛ исчислелось больше. Фактически мартовская ведомость добавила доход Апреля, а именно следующую ведомость за 04 апреля 2025 года:

 

Снятие проведения с апрельской ведомости не изменяет результат расчета НДФЛ марта.
Как правильно пересчитать НДФЛ по сотруднику за март? 
 

Проблему локализовали. 
Если в ведомости на выплату включен флаг: Пересчитать НДФЛ с начала года, то
при пересчете учитываются доходы с начала года не по дату (или месяц) ведомости, а включает и доходы следующего месяца.
В нашей ситуации ведомость на выплату за Март включает доходы Апреля (з/п Марта выплаченная 4 апреля).
В итоге если по какой то причине пересчитать прошлый период, то доход дублируется. Если сделать ведомость за 4 апреля не проведенной, то на расчет это не влияет.