Сотрудник был принят временно - в документе Прием указано на какой срок.
По истечении этого срока было решено его оставить постоянно.
Как правильно это оформить в программе и как правильно сделать Отчет (отчеты?) ЕФС 1-1? - Надо  ли его создавать два?

Добрый день.
Вопрос значительно отличается от текста сообщения.
Через документ Изменение. Затем формируете ЕФС 1.1. О переводе подаете один, о приеме подавали ранее.
Если есть необходимость показать два документа основания, в отчете на закладке Настройка есть возможность добавить допколонку в табличную часть.