Здравствуйте. Объясните по какому алгоритму в эти две колонки - "Вычеты, использованные при расчете НДФЛ" и "Фактически предоставленные вычеты" попадают суммы вычетов? 

Добрый день.
Вычет положен сотруднику один раз в месяц. При формировании выплаты - выплата анализирует положенные вычеты и записывает в регистр Вычеты (в отчете колонка Вычеты, использованные при расчете НДФЛ). Если дохода достаточно (по сумме вычета), то применяет при расчете и записывает в Регистр Фактически предоставленные (колонка Фактически предоставленные вычеты). Если вычет больше суммы дохода, то колонка Фактически предоставленные вычеты будет равна сумме дохода, разница применится в следующем месяце/выплате.
Но если перепроводить документы непоследовательно, либо другая ситуация (некорректная работа документа НДФЛ, более позднее обновление и т.д.) , может произойти ситуация как на вашем скриншоте.

Столкнулись с еще одной проблемой. Отчет вычеты положенные не учитывает сумму ограничения и показывает, что они положены и когда уже превышен предел. Вторая проблема, если при выплате за предыдущий месяц в текущем у сотрудника еще не превышен предел, то вычеты предоставляются, что правильно и записываются в 2 регистра "Стандартные, социальные, имущественные вычеты", " Фактически предоставленные вычеты". Когда платим аванс за текущий месяц, и доход превышает 450 тыс, по регистру Фактически предоставленные вычеты, программа убирает вычет и НДФЛ рассчитывает правильно, но по регистру "Стандартные, социальные, имущественные вычеты" она даже не думает ничего убирать. В итоге при проверке свода ндфл имеем разницу между "положенными" вычетами и " предоставленными". И как это исправлять?

Проблема актуальна. Можно получить ответ?

Проверьте расчет с вышедшим патчем EF_55_00008893