У клиента возник один вопрос - он утверждает, что если один работник работает и по основному месту и по внутреннему совместительство, то  внутреннее совместительство не должно попадать в среднесписочную численность, а оно попадает. Как это исправить? 

Из Указаний по заполнению отчета П-4:
Работники, состоящие в списочном составе организации, привлеченные на общественные работы или работы временного характера на условиях внутреннего совместительства, учитываются в среднесписочной численности один раз по месту основной работы, в фонде начисленной заработной платы показывается сумма заработной платы с учетом оплаты труда на общественных работах, в числе отработанных человеко-часов часы работы этих работников отражаются с учетом часов работы на общественных работах или работах временного характера.