Переходим с 3.5 на 5.5. Столкнулись с такой проблемой.
На пример: заведующий детским садом имеет еще прием по статусу "увеличение педнагрузки" по должности учитель-логопед 0,5 ставки. Это статус был в 3.5 добавлен нами. При настройке отчета зп-образование в 3.5 его относили к основному месту работы. То есть в отчете заведующий со всеми своими деньгами (столбец 3) и как один человек был в строке 101 категории персонала.
В 5.5 в отчете такой настройки нет, а есть возможность в справочнике статусов работы выбрать тип основное место работы. Но в отчете зп-образования заведующий попадает двумя строками: в 101 кп с деньгами по должности "заведующий" как один человек, и как полчеловека в строке 201 кп с деньгами учитель-логопед в 3 столбце.
Подскажите, пожалуйста, что мы делаем не правильно?

Теперь и в ЕФС-1 получаются сотрудники с двумя основными местами работы

Добрый день.
Проверьте справочник Статусы работы. Наименование может быть разным, главное чтобы типы были выбраны верно.

Я об этом и писала.
Сотрудники принят заведующим детским садом по основному месту работы: статус   наименование "Основное место работы", тип статуса "Основное место работы".
Чтобы выделить "кусок" его основной деятельности учитель-логопед (это не работа по внутреннему совместительству) есть прием по статусу наименование "Увеличение педнагрузки", тип статуса "Основное место работы". На 0,2 ставки по табелю неполное время 20 часов при 5-дневке.
В том-то и дело, что тип у них один тип статуса  и разные наименования. 
В за-образования сотрудник стоит как 1 в 101 категории персонала с деньгами по должности заведующий и как 0.2 в строке 201 категории персонала с деньгами учитель-логопед.
Так быть не должно: 1 сотрудник в строке 101 категории со всеми деньгами по основному месту работы
И эта проблема типа статуса работы, похоже, будет везде.