В организации создано 2 документа НДФЛ. С аванса, где применились вычеты за январь 2025 по новым размерам. И документа расчет НДФЛ зп за вторую половину месяца. В документа вычеты отражены верно. Буд-то за месяц сотруднику предоставлен 1 вычет. Но в своде по НДФЛ они задвоены. И если рассчитать сумму налога вручную, видно что вычеты применились дважды.

Добрый день, будет какой-то комментарий?

Добрый день.
Рекомендовано НДФЛ рассчитывать в выплатах.
Документ НДФЛ необходим, чтобы зафиксировать вычеты по сотрудникам, по которым не было дохода в текущем месяц. Дату выплаты в документе НДФЛ следует заполнять только в случае, если нужно сторнировать НДФЛ с излишне выплаченных сумм за месяц, причем нужно указать точную дату выплаты. В остальных случаях использовать этот режим не рекомендуется. Если в документе НДФЛ дата выплаты не установлена, то в расчетный листок данные по НДФЛ попадают по подготовленной ведомости на выплату заработной платы.

А Вы документ используете два раза в месяц. 
В связи с изменениями шкалы 2025 г документ НДФЛ работает некорректно. В выплатах конечно также замечены ошибки, в них внесены изменения. А с документом НДФЛ пока есть сложности.
Переходите на расчет НДФЛ в выплатах.

Работа документа НДФЛ будет исправлена? Многим удобно работать именно через него

Добрый день.
Исправления в документ будут внесены по возможности.
Но несколько раз в месяц его использовать не стоит.