Добрый день!
В основном все хорошо считает, но вот за первую половину декабря двум сотрудникам посчитал НДФЛ но не уменьшил сумму выдачи. Нужно глазами всех пробегать.

 

Алгоритм расчета всех строк выплаты одинаков: если есть НДФЛ, то сумма к выплате рассчитывается вычитанием из суммы дохода суммы налога.
Ответить на ваш вопрос: "что происходит в данной выплате" можно только рассмотрев вашу базу.
Пересылайте выгрузку информационной базы на Хотлайн. Либо смоделируйте данную ситуацию на демобазе и пересылайте ее.