Здравствуйте,
Если необходимо, чтобы надбавка рассчитывалась при работе сотрудника на определенной должности, то непосредственно в справочнике Должности она должна быть заполнена за закладке Надбавки.
При переводе сотрудника, на должность, где надбавки прописаны в справочнике, в документе Изменение на закладке Постоянные надбавки должность будет указана.