Здравствуйте. Фактически предоставленные вычеты в программе предоставляются с той статьи финансирования, по которой был проведен первый документ выплата в данном месяце.
А в форме 0509095 Ведомость доходов физических лиц, облагаемых НДФЛ, страховыми взносами вычеты распределяются пропорционально каждой сумме сотрудника (с разным наименованием дохода).