Добрый день!
1С-КАМИН: Зарплата для бюджетных учреждений. Версия 5.5 (5.5.80.3) 
При формировании формы П-4 договора подряда по штатным сотрудникам и внештатным не попадают в колонку договоров подряда и в детальном отчете время по договорникам в одних строках а сумма по договорам подряда в дополнительных строках в колонке 9 оплата труда внешних совместителей, договора подряда со штатными сотрудниками вошли в сумму их дохода!

Из Инструкции заполнения П-4:
.....
Примечание. Работник, состоящий в списочном составе организации и заключивший договор гражданско-правового характера с этой же организацией, учитывается в списочной и среднесписочной численности один раз по месту основной работы, а начисленная ему заработная плата по трудовому договору и договору гражданско-правового характера - в графе 8 (фонд заработной платы работников списочного состава);

Вы видимо неправильно поняли основную часть проблемы, внешников делит на две строки отдельно ставок отдельно начисления в подробном и не в 10 а в 9 столбец!

Без вашей информационной базы затруднительно дать ответ.
Для того чтобы мы смогли разобраться с возникшей у Вас ситуацией, можно поступить следующим способом: 

Выложить на файлообменник информационную базу  и отправить по электронной почте Адрес электронной почты защищен от спам-ботов. Для просмотра адреса в вашем браузере должен быть включен Javascript.  нам ссылку на ее скачивание, с описанием  последовательности действий, приводящих к ошибке.  Обратите внимание, при наличии пользователей и паролей при входе в ИБ, укажите их. 

Обратите внимание, на диске ИТС есть типовая обработка 1С «Изменение конфиденциальной информации» (для конфигураций версий 3.0, 3.5, 4.0), предназначена для очистки информации в информационной базе.В управляемых приложениях версии ЗП 5.0, 5.5, обработка «Скрытие конфиденциальной информации» встроена в конфигурацию.

Внимание! Обработки: «Изменение конфиденциальной информации» и «Скрытие конфиденциальной информации» запускать только на резервной копии ИБ – процесс не обратимый.