При настройке соответствий документов прием на работу с Кадровый учет 3.0 выходит ошибка, как найти раздел в котором содержатся данные регистры сведений, возможно ли удалить данный регистр для корректной настройки соответствия.

Добрый день. Удалите из регистра "Синхронизация объектов" строку, на которую ссылается. Для этого откройте Сервис и настройки - Все функции - Регистр сведений. Хотя такое поведение очень странное. Скорее всего ранее вы уже перенесли документы и существуют ссылки.

Скажите, а где именно в 5.5 найти настройки и регистры сведений?

На скриншоте указан путь к Сервис и настройки, затем Все функции. Если не отражается Все функции, то в Настройки - Параметры, установить флаг - Отображать Все функции. Данные настройки доступны пользователю с правами Администратора.

Замечание "со стороны": в последних версиях платформы 1С этот пункт меню переименовали.
И теперь он не "Все функции", а "Функции для технического специалиста".