Добрый день. Подскажите пожалуйста, как в программе зарегистрировать внутрисменный отгул?
Например, сотрудник отпросился с работы на 1 час раньше и ему необходимо зарегистрировать отгул на 1 час в счет ранее отработанных выходных и праздничных дней.

В "кадровом приказе на отпуск" рядом с датой установите флажок "отпуск в часах". Задайте сотруднику часы отгула в заданную дату.
В данном случае, для правильного расчета у сотрудника в табеле, по которому он работает, должна быть установлена единица измерения "часы".

Не совсем понятно, при чем тут "кадровый приказ на отпуск"?
Для регистрации работы в выходной и праздничный день есть документ "Работа в выходные и праздничные дни". В настройках документа указывается способ компенсации: оплатить в двойном размере или предоставить отгулы.
Если выбрать способ компенсации "предоставить отгулы", то в табличной части документа появляется колонка, в которой есть возможность проставить дату отгула (весь отгул целиком).
Вопрос был в том, как зарегистрировать внутрисменный отгул, например 1 час?

Ст. 153 ТК РФ:
....
По желанию работника, работавшего в выходной или нерабочий праздничный день, ему может быть предоставлен другой день отдыха. В этом случае работа в выходной или нерабочий праздничный день оплачивается в одинарном размере, а день отдыха оплате не подлежит.

По "приказу на работу в выходные и праздничные дни" можно предоставить только целодневный отгул.
А в случае "отгула на час" Вам придется отслеживать вручную предоставление отгула.

Как предоставить час отгула - я вам ответила ранее.

В который раз можно убедиться в преимуществах ЗКГУ its.1c.ru/db/staff1cbud#content:34795:zkbu30