Здравствуйте.

Учреждение заключило договор с Владимирским отделением сбербанка (БИК 041708602) о перечислении заработной платы сотрудникам на лицевые счета (зарплатный проект).
В учреждение принимается сотрудник, у которого имеется лицевой счет, открытый в Ивановском отделении сбербанка (БИК 042406608) - см.вложение 1.
Сбербанк прикрепляет этот лицевой счет к текущему зарплатному проекту учреждения, соответственно выплата заработной платы этому сотруднику должна отражаться в общей ведомости учреждения.

В настройках документа Выплата есть возможность указать только один лицевой счет учреждения открытый во Владимирской отделении сбербанка - см. вложение 2, 3.
Поэтому нет возможности включить нового сотрудника в общую ведомость.

Как настроить в программе прикрепление к текущему зарплатному проекту лицевых счетов, открытых в других отделениях банка?

Может указать, у лицевого счёта данного сотрудника, Владимирское отделение вместо Ивановского? (не думаю, что это на что-то повлияет).