Пожалуйста подскажите, как настроить Расчет отпуска гос служащих исходя из сохраняемого денежно содержания

1. В разделе Главное в "настройках учета" задайте опцию (флажок) - ведется расчет з/п государственных служащих.
2. Для работы будет доступен документ "Расчет отпуска государственных служащих". Расчет ведется в соответствии с постановлением Правительства РФ от 6 сентября 2007 г. N 562 "Об утверждении правил исчисления денежного содержания федеральных государственных гражданских служащих".

Большое спасибо! А, в документе какой вид начисления нужно указать? Или Нужно создать свое...

Начисление можно выбрать уже имеющееся в справочнике.
Если бухгалтеру необходимо видеть отдельно суммы отпускных госслужащих именно по виду начисления, тогда содайте новый элемент.