Очень мало информации, чтобы дать какие-то рекомендации.
Какая версия платформы используется?
С какого номера релиза происходит обновление?
Конфигурация типовая/измененнная?
В каком режиме работает база (клиент-сервер, файловый)?
На какой ОС (Windows, Linux)?

Желательно увидеть информацию, которая содержится по ссылке "Техническая информация о результатах обновления".
Возможно, что существуют какие-то проблемы с самой информационной базой и данных в ней. Чтобы убедиться, что проблем с информационной базой нет, попробуйте выполнить следующие действия перед обновлением:
1. Сделайте резервную копию информационной базы.
2. Выполните тестирование и исправление средствами конфигуратора
3. Выполните тестирование с помощью утилиты chdbfl.exe
4. Выполните обновление на последнюю актуальную сборку 5.0.56 (на текущий момент это 5.0.56.7)

Если эти действия не помогли, присылайте копию базы на Линию консультаций для анализа.