Пробовал доказать ЛК, что описываемое поведение ошибка, даже базу присылал, но получился разговор глухого со слепым. Попробую спросить здесь.
1. При увольнении сотрудника вычеты по умолчанию отменяются в 23:59:59 дня увольнения. Почему не в 00:00:00 следующего дня? Если просим отменить в конце месяца, то ставится в 00:00:00 первого дня следующего месяца.
2. Создаем и проводим документ увольнение без галочки "отменить вычет в конце месяца" - он формирует движения по регистру Вычеты. Ставим эту галочку и перепроводим документ - движения по регистру Вычеты исчезают и появляются только после отмены проведения документа и его повторного проведения.
3. У сотрудника есть вычеты на детей. В начале месяца выплачиваем ему больничные с начислением НДФЛ с учетом вычетов, потом увольняем его с отменой вычетов при увольнении, потом делаем окончательную выплату остатков, в том числе компенсации отпуска с начислением НДФЛ. Эта последняя выплата считает, что вычетов уже нет и делает перерасчет НДФЛ за весь месяц. После этого регистр налогового учета ругается, что по сотруднику НДФЛ исчисленный не равен рассчитанному.

В качестве обхода можно поставить галочки "Отменить вычет в конце месяца" или "Не отменять стандартные вычеты сотрудника". Главное обязательно проверить, что движения по регистру Вычеты точно соответствуют галочкам.