В документе "выплата" при установленном чекбоксе "не применять стандартные вычеты к доходам" сведения по вычетам все равно формируются.
Обнаружили только недавно, тянется с января.
В итоге происходит то задвоение вычетов, то сторнирование.
При чем в регистре налогового учета НДФЛ вычеты отражаются правильно.
А вот в 6-НДФЛ - сумма вычетов берется из регистров фактически предоставленных вычетов.
В ряде отчетов по НДФЛ также информация разнится.

По данному вопросу лучше переслать выгрузку базы на Хотлайн со ссылкой на данную ветку форума.
У Вас в январе, феврале отражены как старые коды, так и новые коды вычетов - почему?