Добрый день!
Как правильно оформить в программе больничный по беременности и родам и отпуск по уходу за ребенком сотруднице, работающей по совместительству (увольняться не будет). Оплата больничного только по основному месту работы за счет средств ФСС.

Совместительство внешнее? По "основному месту" работает на другом предприятии?

Да, внешний совместитель, работает по основному в другом месте

Оформляйте "кадровый приказ на отпуск". Отдельно на время "декретного б/л" и отдельно на "отпуск по уходу за ребенком".

Вид времени выбираете в шапке. В настройке обязательно указать флажки "праздничные дни являются днями отпуска", "регистрировать время", "добавить запись о стаже".
В табличке "стажа" в колонке "доп.св." для декретного б/л выбирайте "ДЕКРЕТ", для отпуска по уходу - "ДЕТИ".