Сотруднику начислили больничный в декабре, выплатили в январе. 6-НДФЛ прекрасно все подтягивает, а вот 2-НДФЛ за 2016 включает только сумму налога с декабрьского больничного, выплаченного в январе, а сумму дохода не берет. Доход и налог больничного должны, как я понимаю, попасть в январь 2017. Скриншоты прилагаю

Вы правы, это ошибка формирования справки за 2016 год. Исправление в ближайшем релизе.