Доброго времени суток!
Подскажите, у меня у вида дохода "отпускные" стоит галка "рассчитывать ндфл на дату выплаты".
Правильно ли я понимаю, что в своде по ндфл будет получаться, что удержано налога больше, чем исчислено,
так как сам документ "отпуск" делает только расчет отпускных, а не ндфл?
Заранее спасибо!

Удержать можно только исчисленный налог.
Поэтому, если Вы не выплатили отпускные (только при выплате производится расчет НДФЛ с настройкой "рассчитывать НДФЛ на дату выплаты"), то и не увидите удержанный налог.

я имел ввиду то, что когда мы выплатили эти отпускные, то в своде по ндфл будет так, что удержанный больше, чем исчисленный?

По отпускным не будет. В момент выплаты идет исчисление и удержание НДФЛ.
Такая ситуация (разница между исчисленным и удержанным) в "своде НДФЛ" может возникнуть по зарплате (код дохода 2000), если выплата идет месяцем позже.
Например, зарплата за ноябрь выплачена 12 декабря. Дата исчисления в данном случае = 30.11.2016.
Дата удержания = 12.12.2016.

то бишь в свод ндфл при выплате добавится эту сумма в колонки "исчисленный" и "удержанный"?

По отпускным - ДА.

Благодарю!