У сотрудника есть постоянная надбавка - премия.
Иногда сотрудники лишаются премии.
Как бы красиво это сделать в программе, что бы лишение сразу отразилось в расчетном табеле?

Специального документа для "лишения" сотрудников премии в конфигурации нет.
Как вариант, если премия простая и ее можно описать формулой расчета, то в формуле можно добавить периодический показатель (0 - нет премии, 1 - есть премия). А этот показатель задавать ежемесячно менять при необходимости.