Возможно ли создать обработку загрузки данных по зарплате
из файла 2-НДФЛ в документ ВходящееСальдо.

С 1 января переходим на 5 версию. 500 сотрудников.

Если нет, то можно ли установить зарплату за предыдущие годы
одной строкой в Декабре месяце?

С какой версии ПП переходите? Где велся расчет зп?

В документе "входящее сальдо" можно указать одну сумму, но необходимо "разбить" на виды начислений. Т.к. это необходимо для настройки баз в дальнейших расчетах по среднему.
Так же обязательно введите периоды отклонений: отпуска, больничные, отпуска без сохранения и т.п.

Расчет зарплаты велся в программе АБ_Софт не в системе программ 1С.
Там вели только учет. Потом данные выгружали в
Налогоплательщик для ЮЛ (6НДФЛ) и ПУ5 (РСВ-1 и СЗВМ4)

Вводите данные во "входящее сальдо" с разбивкой по "видам начислений". Можно общей суммой одного вида.
Например, оклад за год = 250000
больничные за год = 2000
отпускные за год = 6000 и т.п.

Как я ранее ответила, обязательно введите все "периоды отклонений".