не начисляет ндфл с суммы мат помощи свыше 4000 рублей

Что-то не видно мат.помощи в документе НДФЛ. Мат. помощь не чрезвычайная?

Мат помощь выдали?

выдали

Тогда налоговый регистр на сцену

НДФЛ с мат помощи начисляется и удерживается в момент выплаты (Док. "Выплата" с "выплата зарплаты" или "межрасчетная выплата").
См. пример Начислил в апреле, а выдал только в октябре.
В налоговый регистр мат помощь попадет 10 месяцем ( дата док. выдачи).
Попробовал нарисовать- как то так.

выплатил материальную помощь через меж расчетную выплату а налоговый регистр сумма так и не попала, и вообще через меж расчетную выплату минусует ндфл даже у тех у кого 4000 не набралось, что можно сделать

Или у кода 2760 убрана галочка "Расчитывать НДФЛ на дату выплаты" или в документе начисления указанного в данной выплате нет начислений с которых берется НДФЛ при выплате.
Т.К. не вижу на вашей выплате реквизита "Провести НДФЛ".

Такая же история, но НДФЛ считает не правильно. Должно быть 1430, а ставит 910. Получается, что сумма скидки удваивается

Отмените проведение за Сентябрь "НДФЛ", пересчитайте выплату.