При создании документа "Начисление по-среднему" - отпуск очередной, почему-то на вкладке "Расчет" в графе "Начисление" постоянно ставится "Компенсация отпуска". Мало того, даже если поставить "отпуск очередной" и провести документ, то при следующем открытии в этом поле опять оказывается "Компенсация отпуска". Может я что-то не так делаю?

Откройте справочник "виды начислений", откройте "компенсацию отпуска".
Что у Вас прописано в поле "применяется в основном"? Случайно, не "для расчета очередного отпуска".
Укажите "для расчета компенсации".

А параметр "применяется для расчета очередного отпуска" выбирайте в начислении "отпуск очередной".