Заметил что в некоторых базах (скорей всего после перехода с предыдущих версий) задваиваются (точнее разделяются на две цифры) расчет по среднему, выплаты и др. В настройка источник доходов отключен. При включении видно, что где то есть источник, где то нет и из за этого раздвоение. При включении есть возможность заполнить везде источник дохода. А есть ли какая то возможность очистить везде источник доходов, если хочется его отключить?

И еще вопрос: Как дела сейчас с прочими доходами? Что бы правильно заполнялся 6НДФЛ их надо переделать на начисление-выплату? или уже как то решили?

По расчету "начислений средних" при отказе от учета по источникам зафиксировано замечание 2689.
Очистить источник в движениях можно с помощью универсальных обработок 1С.

Что касается "прочего дохода" - в ближайшем релизе появится возможность расчета НДФЛ (при выплате) непосредственно в документе.