Добрый вечер. Скажите пожалуйста, если было 3 больничных, 2 в апреле, а 3-й начался в конце апреля и закончился в мае. Все три больничных по одному сотруднику,3-й больничный это продолжение второго. Так как сотрудник проболел весь апрель, и соответственно нет зарплаты, я сделала межрасчетную выплату по 1 б.листу. В этой выплате я показала по какому документу выплачивается сумма(начисление 1 больничного), и тут же рассчитался НДФЛ, но т.к. вычеты больше, то и НДФЛ= 0.Могу ли я на вторые два больничных сделать 1 меж. выплату, и если можно, то какой документ следует указать,я имею ввиду какой больничный следует указать в этом случае. Или возможно я вообще все делаю не так. Спасибо.

В "межрасчетной выплате" можно использовать возможность "выплаты начисления" за период. Выбрать виды начислений и указать период, в котором были начислены два последних б/л.
Можно использовать вид операции "выплата зарплаты". Будет рассчитана сумма к выплате и посчитан НДФЛ с больничных.