Пользователь пытается автоматически обновиться с какого-то старого релиза, примерно с 5.0.29.х, и получает сообщение об ошибке. В логах написано, что файл не содержит доступных обновлений. Есть подозрение, что программа скачивает три необходимых обновления и записывает их поверх друг друга, после чего пытается обновиться с этого файла, в котором находится не первое, а уже последнее обновление. В процессе скачивания пишет, что найдено только одно обновление, а когда начинает обновлятся, говорит, что загружается обновление 1 из 3.

Вы верно предположили, когда программа скачивает обновления во временный каталог, она их распаковывает в один каталог, не создавая под каждый релиз новый, тем самым перезаписывая необходимые файлы. Было зарегистрировано несоответствие 2601.