Не понимаю, что я делаю не так, аванс выплачиваем документом "аванс", отпускные - "межрасчетные выплаты", з/п - "выплата з/п". В межрасчётных выплатах у некоторых сотрудников получилась выплата з/п полная, т.к. итак было мало начислений, он из-за этого ставит непонятные цифры?

У меня тоже неадекватно заполняется, вообще непонятно какие суммы((((

А у меня сотрудница уволена 25.02.16, а выплата з/п и компенсации отпуска 26.02.16 (т.к. 25 она не сказала что 26 уже не будет работать) соответственно весь расчет 26 февраля. Так почему то даты заполняются вот так хотя НДФЛ считается 26.02.16
стр.100 25.02.16 з/п
стр.110 26.02.16
стр.120 27.02.16
стр.100 26.02.16 компенсация отпуска
стр.110 26.02.16
стр.120 27.02.16
Это нарушение или нет?

Заполнение верно.
По зарплате для уволенного сотрудника дата получения дохода - последний день работы, т.е. дата увольнения (ст.223 НК РФ).
По компенсации (денежный доход) датой получения дохода является дата выплаты.

Дата удержания = дате выплаты.
Срок перечисления = следующая дата за днем выплаты.

Только одно замечание: 27.02.2016 -- суббота, по стр. 120 надо бы его заменить на понедельник 29.02.2016.

kasoft

Только одно замечание: 27.02.2016 -- суббота, по стр. 120 надо бы его заменить на понедельник 29.02.2016.

Для этого есть настройка в форме 6-НДФЛ - флажок "день перечисления налога - рабочий день"