Есть сотрудник который в течении месяца работал по профессии из списка 2 производств профессий и должностей с вредными условиями труда, а затем переводился на обычную профессию. В табель учета рабочего времени и в табель все попадает правильно, начисления все садятся как надо, но при начислении премии обе должности выходит одна сумма по обеим должностям, а надо отдельно иначе отчисления в пфр неправильно считаются приходится вручную редактировать премию. Как решить проблему?

Посмотрел в документе Начисление процентом. Вы правы: документ не учитывает должность при расчете.
Поэтому предложение к разработчикам: сделать расчет, исходя из должности. Может и в других документах эта опция будет полезна?

Поэтому решения пока такое: ручками разбивать на две строки и изменять должность.
Ну или вариант еще. Отменить проведение документов по должности 2, рассчитать премию по должности 1; отменить проведение по должности 1, провести по должности 2, рассчитать премию по должности 2, провести по должности 1.

так и приходится делать, бухгалтер сильно возмущается

Предложение будет зафиксировано?