Подскажите что не так? В декабре 15 года сотрудник ушел в учебный отпуск. В январе, феврале 2016 г. дохода не было.В марте приступил к работе. С дохода за март в расчете НДФЛ вычеты с начала года ставит 4200, вычет за месяц 1400 и НДФЛ рассчитывает с учетом вычета 4200 ??????

посмотрите на январь и февраль 2016 года,
налог с этого сотрудника удерживался?

Поведение программы вполне правильное (т.к. и налоговая база, и вычеты по НДФЛ считаются нарастающим итогом с начала года).

Здесь почитайте .
Используйте корректировку вычетов

да, но как предоставить вычет к нулевому доходу? Эти можно подрабатывать?
Есть еще сотрудник у которого двое детей, соответственно вычет больше з/платы, что теперь корректировать вычет каждый месяц или сидеть и проверять все время?

gravae@ya.ru

посмотрите на январь и февраль 2016 года,
налог с этого сотрудника удерживался?

нет.

У Вас два варианта:
1) Вы начисляете только пособие по уходу, тогда делать Вам документы Корректировка вычетов помесячно за январь и февраль со знаком минус. За март успеете провести Изменение вычетов.
2) Вместе с пособием Вы начисляете другие облагаемые выплаты, на на них может распространяться скидка, например, материальная помощь от доброго работодателя в связи с рождением ребенка или Новым годом или 23 февраля или ... не распространяется скидка, но сумма не превышает сумму вычетов за месяц. В этом случае Вы оставляете все как есть - выйдет на работу и эти вычеты зачтутся.