Добрый день. У нас 1С-КАМИН:Зарплата. Версия 5.0 (5.0.31.2). В настройках документа "Выплата" поставили флаг "учитывать задолженность".
При расчете сумм всех сотрудников у некоторых из них, по мимо выплат расчетного месяца, подтягиваются выплаты за прошлые периоды. В частности за март 2015 года сумма с плюсом, за апрель 2015 эта же сумма, но с минусом.
Что с этим посоветуете сделать?

Если суммы одинаковы (+ и -), то оставить так. В следующем месяце такого не будет.

Если оставить такую выплату, в дальнейшем это ни на что не повлияет?

Кроме как на выплаты по месяцам не повлияет
Все должно выровняться этой выплатой, и в дальнейшем не забывайте про галочку Учитывать задолженность.