Как отправить отчет 2-НДФЛ в два разных налоговых органа, по умолчанию отправка только в одно ИФНС, а у нас 2 комплекта справок в две разные налоговые инспекции.

В программе КПП и ОКТМО можно привязать к подразделению в справочнике «Подразделения» по кнопке «Перейти-Параметры».
Сотрудников можете перевести кадровым документом «Изменение» в данное подразделение.
В справке о доходах 2-НДФЛ на закладке «Настройки формирования» установите переключатель «заполнять по параметрам подразделения».