Не могу сказать точнее, с какого именно релиза, в информации не нашла, но при увольнении человека последним днем отпуска (очередного или за свой счет) табель учета рабочего времени добавляет один рабочий день следующий за увольнением (окончанием отпуска). Изменений в ТК РФ не увидела. В ст. 84.1 ТК указано, что " днем прекращения трудового договора во всех случаях является последний день работы, за исключением случаев, когда работник фактически не работал, но за ним [...] сохранялось место работы (должность)".

Так вот подскажите, в связи с чем так программу написали? Может, какой то закон я упустила?

Здравствуйте. О данной проблеме известно, будет исправлено в одном из следующих релизов.