После обновления на релиз 5.0.28.2 (по словам кадровика) начали задваиваться записи об отпусках в карточке Т-2, причем не зависимо от настройки "По документам" или "Из справочника Сотрудники". В обоих случаях записи задваиваются.

Записи об отпуске формируют одновременно два документа Приказ на отпуск и Расчет отпуска. Поэтому в каком-либо документе снимите галочку.
Предложение разработчикам. Документ Расчет отпуска должен проверить сформированы ли записи в справочнике, и только после этого формировать необходимые записи.
Ситуация: кадровику нужно чтобы все учитывалось при формировании отчетов, а зарплатнику не надо проводить документ, так как он еще не сделал расчет. Многие по не проведенным документам смотрят, что еще не доделано. Отсюда еще предложение - дать кадровику возможность создать документ Расчета отпуска, но не более (не открывать, не изменять, не проводить и т.д.)