После перехода с 3.0 возникла проблема с несовпадением начальных остатков на начало года в 5.0 и 3.0. Причем цифры в документе "Входящее сальдо" правильные. После разборок выяснилось, что из 3.0 перенеслись документы "Прочий доход" (материальная выгода) за прошлые годы и сумма НДФЛ из этих документов влияет на начальное сальдо этого года. Должны ли эти документы вообще переноситься? Если должны, то для чего и почему они влияют на начальное сальдо?

Переносится должны, т.к. прочие доходы могут входить в базу для расчета. На сальдо влияет ндфл в этих документах. О проблеме известно, она будет исправлена. Можно обнулить эти суммы вручную в документах.

Обнулить нужно только НДФЛ? Если прочий доход это "Материальная выгода", то, наверное, можно удалить документ целиком? А разве информации из документа "Входящее сальдо" не достаточно для расчета базы?

У меня, тоже похожая проблема. Начисляли дивиденды в документы прочие доходы по отдельному источнику, удерживали НДФЛ по этому же источнику. НО при переносе все упало на один источник по учету зарплаты. Я базу 2.0 свернул, удалил входящее сальдо по источнику заемных средств и только после этого сделал перенос.