Да, есть 2 способа:
1. С помощью обработки, входящий в комплект поставки, находящейся в каталоге шаблонов после установки дистрибутива (например у меня это каталог c:\Program Files (x86)\1cv82\tmplts\1ckamin\zpl50\5_0_22_8\Перенос данных в БП 30\Односторонний перенос данных в БП 30 (с помощью обработки)\)
2. С помощью механизма синхронизации данных (c:\Program Files (x86)\1cv82\tmplts\1ckamin\zpl50\5_0_22_8\Перенос данных в БП 30\Синхронизация данных с БП, ред. 3.0\)

Pink

Нужно перенести не В БП а ИЗ БП. Т.Е. сейчас сотрудники занесены в БП 3.0, зарплата начислялась там, но в связи с увеличением штата приобрели программу Зарплата, и вот хотят в нее перенести сотрудников ИЗ Бухгалтерии 3.0.
эти обработки работают в обе стороны?

В этом случае используйте механизм синхронизации данных (п. 2). Этот механизм встроен встроен в конфигурации Зарплата 5.0 и Бухгалтерия 3.0. Описание механизма в каталоге, приведенном в посте выше