Добрый день!
Не предоставляется вычет работнику,должен быть на второго ребенка по июль, на третьего и четвертого. 
 

Добрый день.
Судя по скриншоту, вычет был задвоен 127 и предоставлялся по 5600 вместо 2800.
Затем скорее всего были введены документы Установки и назначения вычетов и скорректированы на положенные 2800 по 127 вычету.
А далее пошли пересорты.
Нужно либо отменять на копии базы выплаты с октября вверх до проблемной выплаты в мае. Затем последовательно пересчитывать каждую выплату до октября.
Либо открыть регистр накопления Фактически предоставленные вычеты, с отбором по сотруднику. Проанализировать за каждый период сколько предоставлено.
Далее сделать Корреткировку вычетов Фактических с выравниваем периодов.

почему не пересчитывает в документе ндфл " вычеты" ?

Фактически предоставленные пересчитывает только в текущем периоде. Пересчет прошлых периодов возможен последовательным переформированием выплат или корреткировкой фактических.