Добрый день. При заполнение уведомления об исчисленных суммах налога и формы 6-НДФЛ, программа неправильно распределяет НДФЛ по видам дохода. В своде отчислений и налогах отображаются верные суммы. Внутри выплат НДФЛ тоже отображается верно. За весь год впервые с таки столкнулись

Добрый день.
Значит у вас есть иностранные специалисты и нерезиденты, по которым нет отдельного КБК (РК, СЕВ). А на 2006 выделение все равно должно быть, т.к. эти суммы отражаются в годовом 6НДФЛ Приложение1.

Иностранных специалистов и нерезидентов у нас нет, только иностранные граждане на патентах, но ранее по ним не было проблем. Данная проблема впервые возникла в сентябре

Это и есть иностранные специалисты.
С такими настройками сдавали полугодие. Возможно вы поздно поставили обновление.

Обновления мы ставим ежемесячно. Вы можете скинуть ссылку на данный приказ?

Если иностранный гражданин, работающий по патенту, получает зарплату с северными надбавками, такие выплаты облагаются НДФЛ по прогрессивной шкале 13%–22%, а не по ставкам 13% и 15%, применяемым к резидентам. Это разъяснение официально подтверждено письмом ФНС от 17.06.2025 № ЗГ-2-11/9888@. Работодателям важно учитывать это при начислении зарплаты и расчете налогов, чтобы избежать ошибок и претензий со стороны налоговых органов.

В каком обновлении, были данные изменения?

Первое письмо выходило ранее  Письмо ФНС от 24.04.2025 N БС-4-11/4221@
Изменения были внесены в релизы перед сдачей отчетности за полугодие.