Сотрудник идет в отпуск 10.03,
05.03 0:00 - ему делают начисление по сред..отпуск 25 т.р.
05.03 12:00 - делают межрасч.выплату на 25 т.р
13.03 00:00 - делают перерасчёт начисления по среднему от 05.03 и сумма увеличивается на 3 т.р.
13.03 12:00 - делаем межрасч..выплату и программа не видит сумм 3т.р. этого сотрудника

- создаем выплату принудительно через документ с учетом выплат - ставит полную сумму отпускных...
- создаем расчетный лист на сотрудника 3т.р. не выплаченных видит

в этот день делали начислен.по сред. для 6 человек из них с такой ошибкой 4...

- из-за чего такое может возникнуть?

Добрый день.
Проверьте движения документов начислений и выплат по периоду. Возможно указан другой месяц (февраль или апрель). В выплате поменяли месяц, а пересчет не сделали.
Проверьте справочник Периоды, в т.ч. Произвольные.
На демо-версии выплата формируется на сумму перерасчета 3 тысячи.