Сотрудники работают вахтовым методом. Уехали на объект, отработали 2 дня и больше на работу не вышли. До окончания трудового договора в табель учета рабочего времени  выбираем НН( неявка по невыясненным обстоятельствам). Но столкнулись с такой проблемой, что эти дни, не встают в стаж, как НЕОПЛ. как тогда правильно оформить неявку сотрудника на работу?

Добрый день.
Неявки можно оформить через Кадровый приказ на отпуск с нужным видом времени или Регистрацией отсутствия.

А в Табеле учета рабочего времени при Регистрации отсутствия часы проставятся сами?

Добрый день.
Невыходы зарегистрируются на основании флага Регистрировать время в кадровом приказе. Документ Регистрация отсутствия также зарегистрирует время. 

Оформляем Регистрацию отсутствия, а в нем не вижу реквизит Регистрировать время в кадровом приказе. А есть
в Настройках возможность Добавить запись о стаже. И еще какой при этом вид времени выбирать, так же НН?

Добрый день.
Кадровый приказ и Регистрация отсутствия это два разных документа. У каждого документа свои настройки.
Вид времени выбираете самостоятельно, согласно виду отсутствия.