Согласно Письму Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России при определении налоговой базы сумма начисленных отпускных включается в состав расходов пропорционально дням отпуска, приходящимися на каждый отчетный период.
Как настроить в программе начисление страховых взносов и НДФЛ пропорционально дням отпуска, если отпуск пришелся на разные периоды?

Здравствуйте.
Такой возможности нет.
В конфигурации настроен расчет НДФЛ, страховых взносов по дате проведения документа начисления отпуска.

Interost

при определении налоговой базы сумма начисленных отпускных включается в состав расходов пропорционально дням отпуска, приходящимися на каждый отчетный период.

По всей видимости, речь идёт об исчислении налога на прибыль организаций?
Если так, это -- тема для бухгалтерского учёта, а не для расчёта зарплаты. В свою очередь, "1С-КАМИН Зарплата" обеспечивает достаточно данных для корректного исчисления этого налога (можно получить сумму отпускных за каждый расчётный месяц).

Добавим это:

Отметим, что по данному вопросу есть противоположная позиция, которой придерживаются большинство судов: расходы на оплату отпуска должны полностью признаваться при расчете налога на прибыль в том периоде, в котором они были выплачены. Арбитры объясняют это тем, что в соответствии со статьей 136 ТК оплата отпуска производится не позднее, чем за три дня до его начала. А раз так, то и расходы должны быть списаны в отчетном периоде, в котором произошло начисление и выплата отпускных. См. например, постановления ФАС Западно-Сибирского округа от 26.12.11 № А27-6004/2011ФАС Московского округа от 24.06.09 № КА-А40/4219-09, ФАС Западно-Сибирского округа от 01.12.08 № Ф04-7507/2008(16957-А46-15).

и по письму:

Одновременно сообщается, что настоящее письмо Департамента не содержит правовых норм, не конкретизирует нормативные предписания и не является нормативным правовым актом. Письменные разъяснения Минфина России по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах имеют информационно-разъяснительный характер и не препятствуют налогоплательщикам руководствоваться нормами законодательства Российской Федерации о налогах и сборах в понимании, отличающемся от трактовки, изложенной в настоящем письме.