Добрый день. 22.11.2024 сотрудник был уволен, а 25.11.2025 принят заново на новую должность. Согласно положению об оплате труда, оплата труда складывается из оклада премия за предыдущий месяц. Сотрудник был полностью рассчитан - ему выдали оклад за отработанное время ноября премия окт и ноября. Пришло время начисления заработной платы по организации и уволенный сотрудник получает зарплату по окладу от новой должности, а премию за октябрь, тоже по новой должности, но с  базой до увольнения по старой должности , хотя он вообще не должен ее получить, так как она выплачена была в полном объеме. Получается прошли двойные выплаты. 
Документы 00098 и 00099 - сделаны при увольнении.   
Документ 000100 - общий документ по начислению премии за октябрь. 
Почему не корректно сработал подбор?

В настройках документа "начисление процентом" есть параметр "не добавлять сотрудников, у которых уже есть начисление в текущем месяце".
При установке данной настройки при подборе получите сообщение, например:
Сотрудник Демидова Е.В. (Основное место работы) не добавлен. Уже было начисление (Месячная премия) в текущем месяце документом Начисление процентом 00000000003 от 27.11.2024 12:00:00 на сумму 25 000 руб.

Это одна ступень контроля, если оба начисления в одном месяце.
Нельзя ли как то выделять сотрудников, у которых по одному виду начисления за один и тот же период есть начисление?

В ближайшее время добавлять такую проверку не планируется.

А как посоветуете контролировать такие случаи, когда штат большой - возникают проблемы с двойными начислениями

Добрый день.
Попробуйте воспользоваться настройкой учета.