Подскажите, пожалуйста.
1. Какие суммы НДФЛ попадают в Бухгалтерию из Зарплаты при синхронизации? По начисленной ЗП или по Выплаченной?
В документе Конец месяца (Зарплата) отражаются суммы НДФЛ по выплатам.
2. Где посмотреть в Зарплате НДФЛ по начисленной зарплате?
3. Как сделать повторную синхронизацию, если в Бухгалтерии в документе "Отражение ЗП" вносились ручные изменения.

1) НДФЛ в программе исчисляется и удерживается в документах Выплата. При синхронизации налог выгружается по данным документов выплата. 
2) Бухгалтерский налог можно сверить с помощью свода универсального с установленной настройкой "Учитывать НДФЛ следующего месяца, рассчитанный при выплате з/п" (в том случае если окончательная выплата  заработной платы в следующем месяце и в базе не рассчитывается документ НДФЛ).
3) В документе Конец месяца в зарплатной программе можно написать комментарий и произвести синхронизацию.

спасибо за ответ