Добрый день. 
НДФЛ, снимает у сотрудника имущественный вычет. В документе расчет НДФЛ считает правильно а в регистре налогового учёта его минусует.

Добрый день. Предоставленной Вами информации недостаточно для точного ответа.
Для того чтобы мы смогли разобраться с возникшей у Вас ситуацией, можно поступить следующим образом:
Дозванивайтесь на ЛК (4842)27-97-44 с 09:00 до 17:00 по МСК. Предварительно на компьютер установите ПП удаленного доступа, специалист ЛК к Вам подключится.
Если ситуация потребует большего времени, необходимо будет прислать ссылку на вашу информационную базу на почту hotline@kamin.kaluga.ru, с описанием последовательности действий, приводящих к ошибке.