Здравствуйте, столкнулись с ситуацией, когда аванс превысил сумму начислений.

Условно - выплатили по авансу 10000, человеку было начислено только 9000. 
Теперь при просмотре "Регистра налогового учета по НДФЛ" выходит сообщение по данному сотруднику
"Исчисленный НДФЛ не равен рассчитанному".

Если добавить его в Выплату (итоговую), то в документе он добавляется с минусом разницы по выплате - (минус 1000),
Как решать данную проблему ? Просто ничего не делать по нему в текущем периоде ? или как-то перерасчитывать ?

Здравствуйте.

В таком случае есть два варианта:
1. Вы добавляете данного сотрудника в выплату, сумму к выплате меняете на 0. На вкладке Расчет НДФЛ произойдет пересчет налога. 
2. Вы его в данную выплату не добавляете. А добавляете в следующую выплату заработной платы, в ней устанавливаете флаг учета задолженности и заполняете дату. На вкладке Расчет НДФЛ также произойдет пересчет налога.